Badania strukturalne i funkcjonalne roli ludzkiej PNPazy w mitochondrialnym metabolizmie RNA

Kierownik projektu: Katarzyna Bandyra

Ludzka fosforylaza polinukleotydowa (hPNPaza) jest wysoce konserwowaną egzorybonukleazą rezydującą głównie w przestrzeni międzybłonowej mitochondriów, gdzie jej funkcja jest nadal niewyjaśniona. W bakteriach, gdzie enzym ten jest najlepiej poznany, PNPaza może zostać przeprogramowana przez białko opiekuńcze RNA Hfq i mały regulatorowy RNA (sRNA), co skutkuje przełączeniem aktywności z trybu degradacyjnego w ochronny. Ponieważ enzym ludzki i bakteryjny są homologami, to możliwe jest, że hPNPaza również może mieć dwa tryby działania, oraz że ta druga aktywność może odgrywać istotną rolę w ludzkiej mitochondrialnej przestrzeni międzybłonowej, gdzie hPNPaza może uczestniczyć w różnych procesach regulacyjnych pośredniczonych przez RNA. Nasze badania mają na celu zrozumienie roli hPNPazy w przestrzeni międzybłonowej mitochondriów. Scharakteryzujemy hPNPazę i jej zdolność do wiązania substratów w trybie degradacyjnym i ochronnym, a także zidentyfikujemy potencjalne kompleksy, które hPNPaza tworzy z innymi białkami w mitochondriach. Aby osiągnąć te cele zbadamy zależność struktury i funkcji hPNPazy za pomocą kriomikroskopii elektronowej.

źródło finansowania:

Narodowe Centrum Nauki & EEA i Fundusze Norweskie - POLS

Badania strukturalne i funkcjonalne roli ludzkiej PNPazy w mitochondrialnym metabolizmie RNA

  • PLN 878 220 (EUR 200 000)
  • Wrzesień 2021 - Sierpień 2023
  • #2020/37/K/NZ1/02312
  • Kierownik projektu: Katarzyna Bandyra

Badania naukowe zostały sfinansowane ze środków Norweskiego Mechanizmu Finansowego na lata 2014 – 2021 2020/37/K/NZ1/02312

EEA | Fundusze Norweskie| NCN

Link do angielskojęzycznej strony projektu: (EN)


Wydarzenia i wiadomości odnośnie projektu są publikowane w zakładce “NEWS":

2024-03-27 Pokaz naukowy dla dzieci przedszkolnych

2024-03-19 XXVIII Sesja sprawozdawcza z działalności naukowej na Wydziale Chemii UW

Dr Katarzyna Bandyra zaprezentowała wyniki swojej działalności i prowadzonych badań w 2023 w postaci posteru.

2023-03-06 Wizyta licealistów z nauczycielem dr Tomaszem Deptułą - Katarzyna opowiedziała o swoich badaniach.

2023-11-22-24 Wspólny wyjazd grup badawczych z Uniwersytetem w Łodzi

Zorganizowaliśmy wspólne spotkanie grup Go!RNA i BANDyra wraz z laboratorium Przemysława Płocińskiego (Uniwersytet Łódzki) i Agatą Starostą (IBB PAN). Spotkaliśmy się w dniach 22-24 listopada w Winnicy Lisnej. Uczestnicy dzielili się swoimi wynikami badań w formie tradycyjnych wystąpień ustnych i bardzo kreatywnych ręcznie rysowanych plakatów - sesja plakatowa była szczególnie zabawna! Powstało kilka pomysłów na wspólne projekty. Mieliśmy również zajęcia integracyjne: przygodowe spacery po (nieco zamarzniętych) polach z grzybobraniem, ognisko z kiełbaskami i pieczonymi ziemniakami, warsztaty degustacji wina, noc gier planszowych (graliśmy w Lab Wars!), saunę, poranną jogę i ilustrowanie naszych projektów na naszych własnoręcznie dekorowanych pizzach z kamiennego pieca (w stylu "Upiecz swój projekt!"). Dziękujemy wszystkim uczestników za wspólne przygody oraz dla EMBO Young Investigator Programme za wsparcie finansowe. Galeria zdjęć dostępna jest tutaj.

2023-09-28 Katarzyna wygłasza wykład na konferencji Polish RNA Biology Meeting

Prezentacja ustna "Polynucleotide phosphorylase - an exoribonuclease and an RNA chaperone in one", MIBMiK, Warszawa, Polska - zdjęcie tutaj

2023-09-19-20 27 Festiwal Nauki w Warszawie

"Krystalizacja białka" - K. Bandyra, M. Klimecka, M. Izert, D. Dawidziak, M. Kanavalli, M. Krupska, 19, 20 IX godz. 15:30. Praktyczne zajęcia z krystalizacji białka, metody używanej w celu otrzymania modeli 3D białek - warsztaty (x2)
"Jak pracuje nowoczesne laboratorium? Wycieczka od genu do białka" - K. Bandyra, M. Klimecka, M. Izert, D. Dawidziak, M. Kanavalli, M. Krupska, 19, 20 IX godz. 18. Przyjdź i zobacz jak zorganizowane jest nowoczesne laboratorium badawcze i jak wygląda praca biologa strukturalnego - wycieczka (x3)


2023-05-11 Badania Katarzyny w centrum uwagi

Dr Katarzyna Bandyra otrzymała nagrodę w postaci stypendium habilitacyjnego L’Oréal-UNESCO Dla Kobiet i Nauki 2022 od L’Oréal Polska. Ten film Facebook przybliża jej ekscytujące badania. Więcej o Katarzynie i jej badaniach można przeczytać w najnowszym numerze magazynu Zwierciadło (dedykowany wywiad) i Forum Akademickie.

Wywiadu z Katarzyną w audycji radiowej programu "Człowiek 2.0" TOK.FM można odsłuchać w odcinku p.t. "Czego jeszcze nie wiemy o białkach?".

Zobacz także inne portale (Biotechnologia.pl|Liderzy Innowacyjności|WCh UW|CNBCh UW).


2023-03-01-31 XXVII Sesja sprawozdawcza z działalności naukowej na Wydziale Chemii UW

Dr Katarzyna Bandyra zaprezentowała wyniki swojej działalności i prowadzonych badań w 2022 w postaci posteru.


2023-01-09 Wizyta uczniów z Liceum Sobieskiego w Lublinie - Katarzyna opowiedziała o swoich badaniach.

2022-11-30 Katarzyna otrzymuje stypendium L'Oréal-UNESCO

Katarzyna Bandyra otrzymała stypendium L’Oréal-UNESCO For Women in Science w 22 edycji programu L’Oréal Polska Dla Kobiet i Nauki , przyznawanej przez L’Oréal Polska i Kraje Bałtyckie w partnerstwie z Polskim Komitetem do spraw UNESCO, Polską Akademią Nauk oraz Ministerstwem Edukacji i Nauki. Nazwiska sześciu laureatek tegorocznego konkursu ogłoszono trzydziestego listopada na gali podczas konferencji naukowej „The last word belongs to microbes – Celebrating the 200th anniversary of the birth of Louis Pasteur” w Centrum Nauki Kopernik.

Projekt habilitacyjny Kasi ma na celu zrozumienie roli ludzkiego enzymu, PNPazy, w metabolizmie mitochondrialnego RNA. Jej badania mogą zidentyfikować ścieżki importowania RNA do wnętrza mitochondriów, co mogłoby umożliwić terapie chorób mitochondrialnych oparte o RNA.

Obejrzyj film i przeczytaj więcej na stronie programu i w mediach: UW| FA| FB| WCh| PAP


2022-09-20 26. Festiwal Nauki w Warszawie

Podczas 26 Festiwalu Nauki w Warszawie, w dniach 19-20 września 2022, ponownie przygotowaliśmy warsztaty i wycieczki po laboratorium dla zainteresowanych dzieci, młodzieży i ogółu społeczeństwa. Katarzyna, Maria Klimecka, Matylda, Daria i Madhuri przygotowały porywający program:

  • Podczas wycieczek po laboratorium (x2), Kasia i Majka pokazały jak zorganizowane jest nasze laboratorium i opowiedziały o współczesnej biologii molekularnej
  • Podczas warsztatów (x2), Matylda i Daria przybliżyły uczestnikom krystalizację białek.

Prawie 50 osób przyszło do naszego laboratorium zobaczyć, jak pracujemy!

Na zdjęciach: Nasze wycieczki po laboratorium i warsztaty z krystalizacji białek podczas Festiwalu Nauki


2022-09-09 Go!RNA - BANDyra Lab retreat

Po przerwie spowodowanej pandemią byliśmy zachwyceni możliwością spędzenia 3 dni razem podczas wspólnego wyjazdu grup Go!RNA i BANDyra.

W dniach 7-9 września 2022 integrowaliśmy się podczas pełnych przygód spacerów przez pola do okolicznych stawów rybnych, ogniska ze „smores”, spływu kajakowego rzeką Rawką, gier escape room, grzybobrania i zilustrowania naszego projektu naukowego na własnoręcznie przygotowanej pizzy (tzw. „Upiecz swój doktorat!”).

Ogromne podziękowania dla członków laboratorium za wspólne przygody oraz dla EMBO Young Investigator Programme za wsparcie finansowe!

Galeria zdjęć dostępna jest tutaj.

Na zdjęciach: wyniki konkursu „upiecz swój projekt”)


2022-04-19 Praca przeglądowa o bakteryjnych białkach opiekuńczych RNA

Bacterial RNA chaperones and chaperone-like riboregulators: behind the scenes of RNA-mediated regulation of cellular metabolism

Katsuya-Gaviria K, Paris G, Dendooven T,Bandyra KJ.

RNA Biol. (2022) 19(1):419-436.doi: 10.1080/15476286.2022.2048565.

Białka opiekuńcze (chaperony) RNA zapewniają prawidłowe fałdowanie RNA, jego stabilność i odporność na rybonukleazy oraz wspierają działania regulacyjne, w których pośredniczy RNA. Wykazano, że u bakterii trzy główne białka opiekuńcze – Hfq, ProQ i CsrA – regulują liczne procesy życiowe, w tym wzrost bakterii, reakcję na stres i wirulencję. W tej pracy przeglądowej opisane są istotne nowe spostrzeżenia na temat ich cech wspólnych, w tym wiązania RNA, posiadania nieustrukturyzowanych domen i interakcji z innymi białkami ważnymi dla metabolizmu RNA.

Ta praca była wspierana przez program badań i innowacji Horyzont 2020 Unii Europejskiej w ramach grantu Marie Skłodowska-Curie #101038064 (Widening Fellowship), Narodowe Centrum Nauki 2020/39/D/NZ1/01651 (SONATA) oraz EEA & Fundusze Norweskie 2020/37/K/NZ1/02312 (POLS) dla Katarzyny Bandyra.


2021-12-07 Katarzyna Bandyra opowiada o swoich badaniach na inauguracyjnej sesji 2021/2022 Warsaw RNA Club


2021-10-25 Katarzyna Bandyra wygrywa nagrodę za najlepszy poster na konferencji EMBO Young Scientists Forum 2021! Gratulacje!


2021-09-01 Dr Katarzyna Bandyra dołącza do grupy

Dr Katarzyna Bandyra dołączyła do naszego Wydziału jako adiunkt, a do naszego zespołu jako lider grantu POLS z Narodowego Centrum Nauki, EEA i Funduszy Norweskich oraz Horizon2020 MSCA Widening Fellowship.

Kasia wnosi cenne doświadczenie w badaniach kompleksów białek i RNA z użyciem kriomikroskopii elektronowej.

Serdecznie witamy Kasię!


2020-12-06 NCN POLS grant to Katarzyna Bandyra

Dr Katarzyna Bandyra z Uniwersytetu Cambridge otrzymała 2-letni grant POLS na dołączenie do naszego laboratorium. POLS jest częścią Programu Badań Podstawowych prowadzonego przez Narodowe Centrum Nauki w Polsce w ramach Funduszy Norweskich i EEA oraz we współpracy z Norweską Radą ds. Badań Naukowych. Wyniki konkursu pokazują, że POLS zachęcił do przeprowadzki do Polski uznanych na arenie międzynarodowej młodych i doświadczonych naukowców. Przyznano 8 takich grantów w panelu nauki o życiu (NZ).

Nagroda w wysokości 200 000 euro wesprze Katarzynę (Kasię) w badaniach strukturalnych i funkcjonalnych ludzkiej PNPazy w przestrzeni międzybłonowej mitochondriów. Kasia podzieli się z nami również swoją cenną wiedzą z zakresu kriomikroskopii elektronowej.

Gratulacje dla Kasi, cieszymy się, że jesteś na pokładzie! Z niecierpliwością czekamy na rozpoczęcie projektu POLS w naszym laboratorium.

Więcej informacji można znaleźć na stronie projektu POLS.